Das Deutsche Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR) betreibt in Oberpfaffenhofen das Raumfahrtkontrollzentrum sowie zahlreiche bedeutende Forschungsinstitute, wie z. B. der Atmosphären-Forschung und der Robotik. Am 8. September 2008 wurde das Bodenkontrollzentrum des europäischen Satellitennavigationssystems Galileo offiziell eingeweiht. Am Standort haben auch die beiden Cluster „Luft- und Raumfahrt“ sowie „Satellitennavigation“ ihren Sitz, ebenso wie das „Anwendungszentrum für Satellitennavigation“. Die RUAG fertigt Airbus-Komponenten. Die General Atomics AeroTec Systems GmbH wartet und lackiert Regional- und Business-Jets sowie Hubschrauber. Sie produziert zudem das zivile Flugzeug Do228. Die 328 Support Services GmbH wartet die Dornier 328, führt aber auch Umbauten und Modernisierungen der Maschinen durch.
Ebenfalls auf dem Areal des Sonderflughafens hat 2007 die Webasto AG (ein Zulieferer der Automobilindustrie) ihr Entwicklungszentrum errichtet. Im September 2008 wurde der Sitz der Firma HS Genion eingeweiht, einem Entwicklungsspezialisten der Automobilindustrie, der zum Webasto-Konzern gehört.
Außerdem am Sonderflughafen ansässig ist die Lilium GmbH, ein mit über hundert Millionen US-Dollar Wagniskapital finanziertes Technologie-Startup, welches den Lilium Jet entwickelt. Das senkrecht startende und landende Luftfahrzeug absolvierte 2019 am Sonderflughafen Oberpfaffenhofen einen ersten Testflug.